이것저것 두서없이 정리

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이것저것 공부하면서 정리하는 중. 틀린내용 있을 수 있음

intron분석

splicing분석

RNAseq데이터 이용
gene-level의 변화로는 phenotype과의 관련성을 찾을 수 없을 때 유용
어느 부위에서 splicing이 일어났는지 확인 할 수 있음
splicing에 의해 생성된 isoform-level의 expression 변화를 확인 할 수 있음
mutation 데이터와 합치면, splicing에 의해 생성된 splicing mutation(SCMs; Splice-Site-Creating Mutations)도 확인 할 수 있음
참고: Systematic Analysis of Splice-Site-Creating Mutation in Cancer
- 33개 암종별/유전자별 전반적인 SCM분포 조사, SCM분석도구 ‘MiSplice’ 개발
- summary: spliced-out region의 protain이 기존 slient mutation -> Frameshifted Muation 발생함 확인
- data: 8,656 TCGA tumors across 33 cancer types
- tools: MiSplice, MaxEntScan

neoantigen 분석

neoantigen은 암세포에만 특이적으로 존재하는 항원으로, 변이나 잠재적 유전자의 활성 등으로 인해 생성된 새로운 항원을 말한다.
변이로 인해 생성된 peptide가 세포표면의 MHC I에 전시되면 T-cell receptor (TCR)이 이를 인식한다.
T-cell기반의 암 면역치료의 타겟으로 이러한 neoantigen이 각광받고 있다 (자가면역관용의 가능성이 낮다) –> 암 특이전엔 변이를 찾아야함! 그 중에서도 frame-shift이거나 indel등이 중요함

mutation 분석과 맞춤형 암 백신

tumor와 normal cell의 DNA서열 비교를 통한 변이 발굴
환자마다 변이 형태가 다양하기 때문에, 개개인이 가진 변이 유형에 맞는 개인 맞춤형 암 백신 제조 -> t-cell 이 neoantigen을 인식하여 암세포 사멸
암 면역치료라함은, 암 환자가 특이적으로 가지고 있는 항원을 이용한 치료방법을 말한다.
개인 맞춤형 백신의 형태 1) 합성 펩타이드 형태 백신 2) DNA 형태의 백신 3) 수지상세포 백신: 수자상세포(항원제시세포)를 이용하면 한번에 다양한 항원을 사용할 수 있음 4) 바이러스를 이용한 백신: 바이러스의 체내 전달시스템이용하는 백신
epitope: 항원결정부

면역 (immunity)

innate immunity (선천면역, 비특이적 면역): 병원체를 기억하지 않고 즉각적으로 반응하는 면역체계 (plasma b cell)
acquired/adaptive immunity (후천성면역, 적응면역): 항원에 노출되면 기억했던 면역작용을 유도하는 면역체계 (memory b cell)
면역에는 B-cell과 T-cell이 있는데 둘다 골수에서 생성되고, 각각 골수,가슴샘에서 성숙한다.
두 세포 모두 외부 침입한 antigen을 죽이는 역할을 하는데, B-cell의 경우에는 antibody를 이용하고 T-cell은 직접 감염된 세포를 죽인다.
B-cell과 T-cell은 표면에 각각 B-cell receptor와 T-cell receptor을 가지고 있는데, 이 receptor가 antigen을 인식하여 면역반응을 일으킨다. (T-cell의 경우에는, antigen의 peptide가 MHC molecule에 결합된 형태여야 antigen을 인식할 수 있다).
T-cell은 antigen을 인식해서 감염된 세포를 바로 죽이는 killer t-cell도 있지만, B-cell을 도와서 b-cell이 더 antibody를 잘 생성할 수 있도록 도와주는 helper T-cell도 있다.

참고

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