Alternative Splicing Analysis (MATS이용)
MATS이용해서 Alternative Splicing 분석
Recent Posts
Sandbox
이것저것 참고 할 것 모음
Cancer Genomics (암 유전체 분석)
암 유전체 분석 Waterfall plot 환자의 Muation을 유전자별로 한 눈에 보이도록 만든 plot임. 폭포처럼 생겼다해서 waterfall plot. R의 “GenVisR” 팩키지로 waterfall plot을 그릴 수 있음 참고 코드 (출처) ``` library(...
ML on Transcriptomic Data for Biomarker Discovery and Tissue-Specific Drug Target Identification
Machine Learning on Human Muscle Transcriptomic Data for Biomarker Discovery and Tissue-Specific Drug Target Identification
RNA-Seq Analysis with STAR Aligner
RNA-Seq mapping에 사용되는 STAR aligner는 SJ(splicing junction)을 다른 tool보다 정밀하게 인식한다는 장점이 있음. 두 번의 mapping을 거치는 2-pass mapping방법을 이용하면 좀더 정확하게 SJ를 인식하여 mapping시킬 수...